Funannotate 离线镜像的Docker安装 • Han Blog

0. 场景#

服务器 无法直连 Docker Hub
系统 Docker 版本老旧（18.x 及以下），不支持 --mount 语法
需要 一次性离线部署 Funannotate 1.8.x 并验证可用

1. 获取离线镜像#

工具	作用
`dget`	断点续传 Docker Hub 镜像，无需 docker pull

# ① 下载 dget（linux/amd64）
wget -c https://gitee.com/mirrors/dget/releases/download/v0.3/dget_linux_amd64 -O dget
chmod +x dget

# ② 断点续拉（失败重复执行即可）
./dget nextgenusfs/funannotate
# 完成后得到 funannotate_latest-img.tar.gz

bash

2. 加载镜像#

docker load -i funannotate_latest-img.tar.gz
docker images | grep funannotate
# 预期
# nextgenusfs/funannotate   latest   bcde41375f71   7 weeks ago   12.6 GB

bash

3. 修复「unknown flag: —mount」兼容脚本#

旧版 Docker 不认 --mount，官方 wrapper 会报错。直接替换为 -v 版本：

cat > funannotate-docker <<'EOF'
#!/usr/bin/env bash
realpath() {
  OURPWD=$PWD
  cd "$(dirname "$1")"
  LINK=$(readlink "$(basename "$1")")
  while [ "$LINK" ]; do
    cd "$(dirname "$LINK")"
    LINK=$(readlink "$(basename "$1")")
  done
  REALPATH="$PWD/$(basename "$1")"
  cd "$OURPWD"
  echo "$REALPATH"
}

USER="$(id -u $(logname)):$(id -g $(logname))"
WORKDIR="$(realpath .)"
TZ="$(date +'%Z')"

docker run --rm -it \
  --user "${USER}" \
  -e TZ="${TZ}" \
  --workdir "${WORKDIR}" \
  -v "${WORKDIR}:${WORKDIR}" \
  nextgenusfs/funannotate:latest \
  funannotate "$@"
EOF

chmod +x funannotate-docker
mkdir -p ~/.local/bin
mv funannotate-docker ~/.local/bin/   # 确保目录在 $PATH

bash

4. 验证：跑官方测试#

funannotate-docker test -t predict --cpus 12

bash

出现

#########################################################
SUCCESS: `funannotate predict` test complete.
#########################################################

plaintext

即 安装成功，可投入正式分析。

5. 常用命令速查#

任务	命令
查看帮助	`funannotate-docker`
预测基因	`funannotate-docker predict -i genome.fa -o out -s "Aspergillus nidulans"`
功能注释	`funannotate-docker annotate -i out`
比较基因组	`funannotate-docker compare -i out1 out2 out3`

6. 常见问题#

加载镜像失败
→ 确认 funannotate_latest-img.tar.gz 完整（gzip -t 无报错）。
wrapper 执行无权限
→ chmod +x 并检查 ~/.local/bin 是否已加入 PATH。
测试时提示数据库缺失
→ 首次使用执行
funannotate-docker setup -b all
若服务器仍无法联网，参考官方手动下载数据库 ↗。

至此，离线环境即可完整使用 Funannotate 全部功能。

plaintext